Game Storyline: While researching human memory for the government's secret lab, scientists Richard and Sayoko Robbins suddenly disappear and are presumed dead. Ten years later, their daughter, Ashley, receives a letter from Richard, telling her that he is still alive and sequestered in a lab on Blood Edward Island. Ashley traces the letter to the island to find the truth behind her parents' mysterious disappearance. Once there, she discovers that her parents had been working on a memory-generating computer called Trace, but the connection between Trace and their disappearance remains unclear.

While searching for Richard, Ashley befriends a ghost named D, who is looking for answers of his own. Having lost all his memories and any recollection of his death, D is destined to remain in limbo and wander the island until he recovers them. Together, they set off to find the truth of their pasts.

• Twists and turns await around every corner. It's up to players to figure out the truth from the clues on the island. Trace Memory's rich story will appeal to young and older audiences alike.
• As players move around the 3-D map, the touch screen displays a breathtaking birds-eye view of the action, while the top screen shows a first-person view of scenes and conversations.
• To advance in the game, players must to solve innovative puzzles that take advantage of the DS's unique features: touch screen, dual screens, mic and stereo sound.

Som liten jente ble moren til Ashley skutt og drept i sitt eget hjem og faren forsvant sporløst, også antatt å ha blitt drept. 11 år etter mottar Ashley en dag en pakke som inneholder en DAS, Dual Another System, en maskin som faren hennes arbeidet med samt et brev fra ham som nå har ledet henne til Blood Edwards Island for å spore opp faren og løse mysteriet bak morens drap. Vel framme på øya drar Jessica, tanten til Ashley som hun har bodd sammen med, i forveien men Ashley, som aner aner uråd når hun ikke dukker opp igjen, setter avsted etter henne og eventyret er igang. På veien støter Ashley på spøkelset D som døde på øya for 57 år siden. Han husker ikke hva han gjorde på øya eller hvordan han døde, men møtet med Ashley begynner å vekke til live hukommelsen hans. D blir med Ashley og sammen begynner jakten på Ashleys far og hukommelsen til D på alvor.

Hovedfokuset i Another Code: Two Memories er lagt på de mange forskjellige puslespillene som må løses for å gå videre i spillet. Vanskelighetsgraden øker for hvert kapittel, fra det helt enkleste i starten som å sveive ned en hengebro, til de vanskeligste på slutten hvor man må lete gjennom dokumenter og datafiler for å finne hint til hvor man kan finne passordene som åpner opp den låste døren. Har man et øye for detaljer og er flink til å huske ting på veien så er ikke puslespillene de alt for store utfordringene, men historien er så spennende at man bare må spille litt til. Menyen i spillet befinner seg i DAS-maskinen som Ashley har fått av faren og designet på denne maskinen er mistenkelig kjent... DAS kan ta bilder av omgivelsene og ved hjelp av de to skjermene kan man overlappe og flytte på to bilder for å finne hint til uløste oppgaver. Her har man også tilgang til innstillinger og oversikt over gjenstander og dokumenter man har funnet på veien.

Another Code bruker en blanding av fugleperspektiv i 3D, altså at vi ser og styrer Ashley ovenifra, og mye artwork og bilder i spillet, spesielt under diskusjoner med andre karakterer og når man undersøker ting nøyere for å lete etter ledetråder og informasjon. Småskummel og mystisk musikk understreker og framhever stemningen i spillet veldig godt og de få lydeffektene i spillet passer helt perfekt.

• Hovedpersonen i Another Code. En 13 år gammel smånysgjerrig jente som reiser til Blood Edwards Island på leting etter sin antatt døde far og sannheten bak morens drap.
• Et spøkelse på Blood Edwards Island som døde her for 57 år siden. Han har mistet hukommelsen og blir med Ashley for å lete etter den.
• Foreldrene til Ashley var begge vitenskapsmenn og arbeidet sammen på et prosjekt kalt Trace som hadde noe med den menneskelige hukommelse å gjøre.
• Søsteren til Richard er en naturfaglærer. Hun fikk ansvaret for Ashley og har oppdratt henne siden moren ble drept og faren forsvant.